در سال 2045، مزدور سایبرنتیک موتوکو کوساناگی به بخش 9 باز می گردد تا با یک تهدید جدید خطرناک روبرو شود و ...

کنجی کویسو، دانش آموز کلاس یازدهم و نابغه ریاضی، قبول می کند تا در تابستان کمک دست دختر هم مدرسه ایش ناتسوکی باشد. کنجی متوجه می شود که خانواده ناتسوکی قصد دارند جشن تولد 90 سالگی بزرگ خانواده را جشن بگیرند و کنجی باید نقش نامزد ناتسوکی را بازی کند و...

داستان این فیلم مربوط به گروهی است که ماموریت حفاظت از یک تمدن قدیمی را به عهده گرفته است. تمدنی که به خاطر پیشرفت های بررسی نشده ، نابود گردید. از نظر آنان ، بازگشت به علمی که در تاریکی قرار گرفته ، باعث ایجاد تاریکی می گردد. به دنبال این هشدار ، سازمانی به نام " آرگام " تشکیل گردید تا از فناوری و آثار به جامانده از این تمدن پیشرفته محافظت کند. ماموران ویژه ای که در این سازمان خدمت می کنند ؛ با نام " اسپیرگان " شناخته میگردند.